Hola Nestor, podrías compartir captura de cómo estás viendo: 'al ver los datos son series de números separados por un "."  '

También puede ser que veas números grandes sin separadores y que están mal formateadas algunas columnas como humedad_suelo, Temperatura y ET.

Parece ser necesario limpiar los datos para el análisis.

Agrego descripción de las columnas (variables):

• id: Identificador único de cada registro
• dt: Fecha del registro 
• Durazno: Medición numérica (caudal) en Durazno.
• Sarandi_del_yi: Medición numérica en Sarandí del Yí (caudal).
• Polanco_del_yi: Medición numérica en Polanco del Yí (caudal).
• Sarandi_del_Yi_level: Nivel del agua en Sarandí del Yí.
• Durazno_level: Nivel del agua en Durazno (variable objetivo).
• Polanco_level: Nivel del agua en Polanco del Yí.
• Sarandi_del_Yi_precipitation: Precipitación en Sarandí del Yí.
• Polanco_precipitation: Precipitación en Polanco del Yí.
• Durazno_precipitation: Precipitación en Durazno.
• Precipitaciones_IMERG_Durazno: Precipitación en Durazno según IMERG
• Precipitaciones_MERRA_Durazno: Precipitación en Durazno según MERRA 
• Precipitaciones_IMERG_Polanco_del_Yi: Precipitación en Polanco del Yí según IMERG.
• Precipitaciones_MERRA_Polanco_del_Yi: Precipitación en Polanco del Yí según MERRA.
• Precipitaciones_IMERG_Sarandi_del_Yi: Precipitación en Sarandí del Yí según IMERG.
• Precipitaciones_MERRA_Sarandi_del_Yi: Precipitación en Sarandí del Yí según MERRA.
• humedad_suelo: Medición de la humedad del suelo.
• Temperatura: Medición de la temperatura.
• ET: Evapotranspiración, medida de la pérdida de agua del suelo.

Hola Mauro:
Copio a continuacion la salida del .info, .describe y .head del dataframe cargado.
Aclaro que cargue el dataframe como str porque al analizarlo me estaba complicando porque no sabia como "limpiar" los datos

--------------------------------------------------------------------
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 1541 entries, 0 to 1540
Data columns (total 20 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
--- ------ -------------- -----
0 id                                                       1541 non-null object
1 dt                                                       1541 non-null object
2 Durazno                                              1541 non-null object
3 Sarandi_del_yi                                     1541 non-null object
4 Polanco_del_yi                                     1541 non-null object
5 Sarandi_del_Yi_level                             1541 non-null object
6 Durazno_level                                      1541 non-null object
7 Polanco_level                                        1541 non-null object
8 Sarandi_del_Yi_precipitation                   1541 non-null object
9 Polanco_precipitation                             1541 non-null object
10 Durazno_precipitation                          1541 non-null object
11 Precipitaciones_IMERG_Durazno            1541 non-null object
12 Precipitaciones_MERRA_Durazno           1541 non-null object
13 Precipitaciones_IMERG_Polanco_del_Yi  1541 non-null object
14 Precipitaciones_MERRA_Polanco_del_Yi  1541 non-null object
15 Precipitaciones_IMERG_Sarandi_del_Yi  1541 non-null object
16 Precipitaciones_MERRA_Sarandi_del_Yi  1541 non-null object
17 humedad_suelo                                   1541 non-null object
18 Temperatura                                       1541 non-null object
19 ET                                                      1541 non-null object
dtypes: object(20)
memory usage: 240.9+ KB
None
--------------------------------------------------------------------
                  id      dt          ... Temperatura                           ET
count       1541   1541       ...      1541                              1541
unique     1541    1541      ...       1541                             1541
top          1279  9/30/18    ... 19.472.119.609.946.500 25.028.009.384.115.900
freq             1      1           ...            1                                   1

[4 rows x 20 columns]
--------------------------------------------------------------------
    id      dt        ... Temperatura                          ET
0 1279 9/30/18 ... 19.472.119.609.946.500     25.028.009.384.115.900
1 142   8/20/15 ... 2.011.952.369.046.540      28.767.389.391.433.300
2 3        4/3/15 ... 14.703.518.427.550.700     3.402.303.555.749.830
3 1190   7/3/18 ... 26.795.857.939.119.100    30.484.897.623.745.700
4 1802   3/6/20 ... 16.132.466.453.214.300    3.508.002.160.847.000

[5 rows x 20 columns]
--------------------------------------------------------------------

lo unico que ejecute fue

dataframe = pd.read_csv(archivo, dtype=str)

print('--------------------------------------------------------------------')
print(dataframe.info())
print('--------------------------------------------------------------------')
print(dataframe.describe())
print('--------------------------------------------------------------------')
print(dataframe.head())
print('--------------------------------------------------------------------')

Nestor, está bien lo que dices, no subí la última versión del dataset, ya lo modifique con los datos procesados. 

Prueba volver a descargarlo, gracias!